Asuka continua em crise, acreditando não poder mais ser piloto do Eva, e ainda é assombrada por fantasmas do seu passado. Para o lugar da garota é chamada a 5ª Criança, o misterioso Kaworu Nagisa, que se dá muito bem com Shinji. Mas a alegria da 3ª Criança dura pouco, pois Kaworu é o 17º Angel, cujo objetivo é alcançar Adão, o que pode levar a Terra à destruição. A batalha entre Shinji e Kaworu é inevitável e acontece no Dogma Central, onde está o 1º Angel. Enfurecido com a traição de seu amigo e ao mesmo tempo angustiado, Shinji cumpre sua missão e liqüida com o 17º Angel. Enquanto a batalha desenrolava a SEELE apertava o cerco sobre a NERV.