L'histoire se passe en décembre 2199, malgré l'effervescence qui se fait sentir dans les rues à l'approche de la nouvelle année, le bruit courre que Ragna the Bloodedge, surnommé le dieu de la mort (Shinigami), un rebel de rang SS dont la tête est mise à prix pour une prime record, est dans la ville de Kagutsuchi. Son but serait de venir à bout du système qui contrôle le monde. Cependant, de nombreux chasseurs de primes vont se mettre en travers de son chemin...