Les enquêtes de Mulder et Scully ainsi que les révélations de Tad O'Malley sur le web semblent avoir réveillé de puissants ennemis. Des épidémies mortelles, dues à un défaut du système immunitaire, éclatent dans tout le pays. Scully cherche à élaborer un vaccin à partir de son ADN alors que Mulder confronte l'homme à la cigarette, persuadé qu'il est derrière cette contagion de masse…