War of Y podzielone jest na cztery historie opowiadające o konfliktach w przemyśle rozrywkowym BL (yaoi, znane również jako boys' love, to gatunek fikcji skupiający się na relacjach między męskimi bohaterami).
Historia 1- Nowy statek
Pan i Not szybko stają się nową modną parą.
Ale świat BL nie jest pozbawiony niebezpieczeństw i zarówno fani, jak i profesjonaliści z branży mogą szybko zamienić się we wrogów.
Historia 2 - Wojna menedżerów
Czasami fikcja przewyższa rzeczywistość i kiedy kochana przez wielu para faktycznie się spotyka, sprawy szybko mogą się skomplikować, a nawet stać się chaotyczne.
Historia 3 - Y-Idol
Rozpoczyna się nowy reality show, którego celem jest znalezienie aktorów BL jutra. Zamknięci razem, kilku młodych mężczyzn uczy się grać, śpiewać i tańczyć, ale będą również obserwowani pod kątem ich zdolności do wykonywania usług dla fanów.
Historia 4 - Żona
Moss i Achi to para BL doskonale grająca kartą fanserwisu, do tego stopnia, że czasami granica między fikcją a rzeczywistością nie jest zbyt wyraźna. Tym bardziej, że Achi w tym samym czasie znajduje sobie dziewczynę.