Od najmłodszych lat Natsume posiada zdolność widzenia duchów, znanych również jako yokai, co komplikuje jego życie i zmusza go do trzymania się z daleka od rówieśników dla ich bezpieczeństwa.
Podczas prześladowania przez yokai, Natsume nieświadomie uwalnia potężnego ducha zamkniętego w Maneki-Neko, tradycyjnej japońskiej figurce szczęśliwego kota. Duch ten wydaje się posiadać wiedzę na temat jego babci, Reiko, i wykazuje szczególne zainteresowanie dziedzictwem, które przekazała swojemu wnukowi: Księgą Przyjaciół. Ta księga, która daje moc kontrolowania yokai, których imiona są w niej zapisane, jest podobno przyczyną nieustannego pościgu Natsume przez te duchowe byty. Albo chcą odzyskać swoje imię, albo księgę jako źródło mocy.
Częściowo z tych powodów "Nyanko-sensei", duch, którego uwolnił Natsume, będzie towarzyszył i bronił młodego człowieka w jego misji przywrócenia imion yokai.