Chandler découvre que le président Peng procède à un génocide. Il a fait fabriquer des missiles contenant un virus qui neutralise le remède et les a envoyé stratégiquement sur l'Asie. L'USS Nathan James fait cap sur une petite île où ils auraient été confectionnés afin d'en savoir plus. Chandler tombe alors sur une nouvelle civilisation où tout paraît idyllique. À Saint-Louis, Kara comprend enfin ce qui bloque depuis des semaines les messages vidéos : des messages vocaux cryptés...