Aresztowany za napad na bank Michael Scofield, inżynier budownictwa, zostaje skazany na pięć lat więzienia. Ku zdumieniu i niezrozumieniu swojej przyjaciółki prawniczki Veroniki, Michael odmawia obrony w celu złagodzenia wyroku; prosi jedynie sędziego prowadzącego proces o osadzenie go w pobliżu miejsca zamieszkania i uzyskuje prawo do wysłania do Fox River, więzienia stanowego pierwszego poziomu. Poznaje Brada Bellicka, kapitana ochrony, który nie jest łagodny. Jego współtowarzyszem w celi jest Sucre, młody Portorykańczyk, który chce jak najszybciej odnaleźć swoją narzeczoną.
W tym czasie Michael próbuje nawiązać kontakt z niejakim Lincolnem Burrowsem, który jest nikim innym jak jego bratem. Skazany na śmierć za zamordowanie brata wiceprezydenta, Lincoln twierdzi, że jest niewinny mimo zgromadzonych przeciwko niemu dowodów. Michael, chcąc zbliżyć się do brata, udaje się do Abruzziego, który jest odpowiedzialny za dzielnicę, w której przebywa Lincoln. Wykorzystując swoje wpływy, Michael jest w stanie wygrać nad Abruzzi.
Przekonany, że jego brat nie jest winny, Michael prosi Veronicę, by dowiedziała się, kto stoi za sprawą i mówi bratu, że ma plan ucieczki...
Udając diabetyka, Michael często chodzi do ambulatorium, gdzie spotyka Sarę Tancredi, jedyną lekarkę. Wydaje się ona być zafrapowana młodym człowiekiem i zaczyna rosnąć zaufanie. Michael wpłynie również na strażnika więzienia, Henry'ego Pope'a.
Gdy biskup McMorrow próbuje opóźnić wydanie wyroku śmierci na Lincolna, odwiedzają go służby specjalne. Paul Kellerman i Daniel Hale to dwaj agenci o brutalnych i podejrzanych metodach działania. McMorrow zostaje zastrzelony, a Veronica zaczyna podejrzewać, że Nory może zostać wrobiona.