En l'an 2552, les humains de la planète Madrigal se battent pour l'indépendance de la Terre, mais une rencontre fatale avec les aliens du Covenant complique les choses. Le Master Chief John 117 et ses super-soldats "Spartans" rejoignent le combat. Après la bataille, Master Chief se rend sur sa planète natale de Reach avec un survivant de Madrigal et un objet mystérieux qu'il a découvert sur la planète. Mais un ordre controversé amène John à s'interroger sur sa mission, et sur lui-même.