Boruto et l'équipe 7 ont pour mission de retrouver un chercheur disparu d'une entreprise d'équipement médical dans un pays lointain. Mugino, un jonin qui a un sens aigu de l'emplacement, vient à bord pour guider et aider l'équipe 7. Sans perdre de temps, Boruto et l'équipe commencent leur mission avec Mugino.