Gene Vincent est le fils d'Ezekiah Jackson Craddock et de Marie Louise Cooper. Son père surnommé Kie, enrôlé dans la marine côtière pendant la Seconde Guerre mondiale surveille l'approche éventuelle de Uboats allemands. Sa mère tient un commerce. La famille déménage très tôt à Munden Point, dans l'État de Virginie, près de la frontière de Caroline du Nord. Ses parents y deviennent gérants d'une épicerie. Auditeur régulier de l'émission Grand Ole Opry, le jeune Eugene (qui porte à cette époque déjà le surnom de Gene) montre un intérêt pour la musique. Il écoute de la country, du hillbilly, du bluegrass. Mais il se familiarise aussi avec le blues et le gospel, car la communauté noire est importante dans le quartier pauvre où il vit1. Il reçoit sa première guitare à l'âge de douze ans2. Il joue régulièrement pour les passants, perfectionnant ainsi son style vocal et son jeu de guitare. Très vite, on le reconnaît dans les rues, et ses amis le surnomment The Screamin' Kid3.
En 1948, ses parents décident de quitter Munden Point et de retourner à Norfolk où ils tiennent un magasin d'alimentation générale et de vêtements de marins. Chétif et souvent sujet aux taquineries de ses camarades d'école, Gene Vincent quitte assez tôt les études et s'engage dans l'US Navy à dix-sept ans, le 19 février 1952, pendant la guerre de Corée. Comme il est trop jeune, ses parents signent pour lui l'acte d'engagement. Il travaille principalement sur l'USS Chukawan, navire pourvoyeur de carburant. Gene navigue dans les eaux coréennes mais ne participe jamais directement aux combats, contrairement à ce que prétendent certains articles plus tard qui attribuent sa blessure à la guerre. En mars 1955, après trois années de service, Gene signe pour six années supplémentaires afin de percevoir la prime de réengagement, avec laquelle il s'achète une moto Triumph. En juillet, il est heurté dans Norfolk par une Chrysler conduite par un ivrogne qui « brûle » un feu rouge4 : il est grièvement blessé à la jambe gauche. À l'hôpital, les médecins veulent l'amputer, mais Gene refuse que sa famille signe les documents d'autorisation. Il passe les six mois suivants en de nombreux séjours à l'hôpital naval de Portsmouth. C'est pendant un de ces séjours qu'il s'exerce à écrire des chansons. On lui enserre finalement la jambe dans une armature métallique5. Il est réformé peu après. Il est toutefois réincorporé peu après, à la suite d'une erreur de frappe dans son CV.