War of Y is verdeeld in vier verhalen over conflicten binnen de BL-entertainmentindustrie (yaoi, ook bekend als jongensliefde, is een fictiegenre dat zich richt op relaties tussen mannelijke personages).
Verhaal 1- Nieuw schip
Pan en Not worden al snel het nieuwe modieuze koppel.
Maar de BL-wereld is niet zonder gevaar en zowel fans als professionals in de business kunnen snel in vijanden veranderen.
Verhaal 2 - De managersoorlog
Soms overtreft fictie de werkelijkheid en wanneer een koppel dat door velen geliefd is daadwerkelijk bij elkaar komt, kunnen de dingen snel ingewikkeld, zelfs chaotisch worden.
Verhaal 3 - Y-Idol
Een nieuwe realityshow wordt gelanceerd om de BL-acteurs van morgen te vinden. Samen opgesloten, leren verschillende jonge mannen acteren, zingen en dansen, maar ze zullen ook in de gaten worden gehouden voor hun vermogen om op te treden in fan service.
Verhaal 4 - Vrouw
Moss en Achi zijn een koppel van BL dat de fan service kaart perfect speelt, tot op het punt waar soms de grens tussen fictie en realiteit niet erg duidelijk is. Temeer daar Achi tegelijkertijd een vriendin vindt.