In hun dagelijkse leven zijn Sam, Clover en Alex eenvoudige middelbare schoolmeisjes, maar in werkelijkheid zijn ze geheim agenten: spionageprofessionals die werken voor WOOHP, een clandestiene organisatie die zich inzet om de mensheid te redden. Wanneer hun superieur, Jerry, hun hulp nodig heeft, zet hij ze in op missies en voorziet hij ze van verschillende technologische apparaten om hun onderzoeken uit te voeren.