Het voorheen onbekende doel van het "negende chevron" wordt geopenbaard, en eindigt met een team dat naar een Ancien schip "Destiny" vlucht, een schip dat miljoenen jaren geleden gebouwd is door de Ancients en gebruikt werdt om verre sterrenstelsels van Stargate's te voorzien. Het team, geleid door dr. David Rush en kolonel Everet Young, is gestrand op het schip, niet in staat om haar geprogrammeerde doel te wijzigen, en wordt geconfronteerd met nieuwe rassen, nieuwe technologieën en nieuwe vijanden, terwijl het schip hen naar de verre uiteinden van het Universum brengt.