In het Japan van het jaar 1600, aan het begin van een eeuwenlange burgeroorlog, vecht Lord Yoshii Toranaga voor zijn leven als zijn vijanden in de Raad van Regenten zich tegen hem verenigen, wanneer een mysterieus Europees schip wordt gevonden in een nabijgelegen vissersdorp. De Engelse piloot, John Blackthorne, heeft geheimen bij zich die Toranaga kunnen helpen om de machtsbalans te doen kantelen en de formidabele invloed van Blackthorne's eigen vijanden - de Jezuïtische priesters en Portugese kooplieden - te vernietigen. De lotgevallen van Toranaga en Blackthorne raken onlosmakelijk verbonden met hun vertaalster, Toda Mariko, een mysterieuze christelijke edelvrouw en de laatste van een in ongenade gevallen geslacht. Terwijl ze haar heer dient in dit beladen politieke landschap, moet Mariko haar nieuwe vriendschap met Blackthorne zien te verzoenen met haar toewijding aan het geloof dat haar gered heeft en haar plicht aan haar overleden vader.