Sanctuary volgt de avonturen van de mooie, raadselachtige en altijd verrassend Helen Magnus, een briljant wetenschapper die in het bezit van de geheimen van een clandestiene bevolking - een groep van vreemde en soms angstaanjagende wezens die zich verbergen onder de mensen. Samen met haar nieuwe rekruut, forensisch psychiater Dr Will Zimmerman, haar eigenzinnige tech wiz Henry en haar onbevreesde dochter Ashley wil Magnus zowel deze bedreigde verschijnselen beschermen als de mysteries van hun bestaan ontrafelen.