Een enorm gevecht tussen Godzilla en de titanen heeft San Francisco met de grond gelijk gemaakt. Na de schokkende onthulling dat monsters echt zijn, trachten twee kinderen in de voetsporen van hun vader te treden om de connectie van hun familie met de geheimzinnige organisatie Monarch te ontdekken. Aanwijzingen leiden hen in de wereld van monsters en uiteindelijk in het konijnenhol naar legerofficier Lee Shaw. In de jaren 50 kwam hij voor het eerst in contact met Monarch. Een halve eeuw later wordt de Japanse-Amerikaanse instantie bedreigd door wat Shaw weet.