2050. Kong wordt een gezochte voortvluchtige nadat hij een ravage aanricht op Alcatraz Island's Natural History and Marine Preserve. Wat de meeste mensen die jacht op hem maken echter niet weten is dat Kong erin geluisd is door een kwaad genie die van plan is om de wereld te terroriseren met een leger van enorme robot dinosaurussen. Als enige dier dat sterk genoeg is om de mensheid te redden van de mechanische dino's, moet Kong vertrouwen op de hulp van drie kinderen die de waarheid over hem weten.