Als Iori Kitahara naar de universiteit gaat, kiest hij ervoor om in te trekken in de duikwinkel van zijn oom in Izu, die bekend staat als Grand Blue. Iori staat te popelen om zijn leven als student te beginnen, omringd door het gebrul van de golven, de intense zon en zijn neef die bij hem woont. Iori ontmoet echter een groep stoere jongens met een passie voor steen-papier-schaar stripspelletjes en sluit zich aan bij de duikclub van de universiteit, Peek-a-Boo.