Colony speelt zich af in de nabije toekomst. De stad Los Angeles wordt bezet door een buitenaardse macht. Sommigen collaboreren met de vijand, terwijl anderen zich juist proberen te verzetten. Dit laatste heeft echter een hoge prijs. Centraal staat de voormalige FBI agent Will Bowman. Om zijn vrouw Katie en de rest van hun familie te beschermen, besluit Will om te gaan samenwerken met de autoriteiten. Hij krijgt de opdracht om het snel groeiende verzet de kop in te drukken.