Kakathuruth speelt zich af op een afgelegen eiland in Kerala en vertelt het verhaal van Jose, een nieuwkomer op het eiland die bevriend raakt met Kannappan, een viskweker van een naburig perceel. Kannappan en zijn vader zijn de enige overgebleven mensen in de lijn van viskwekers die al eeuwen op het eiland wonen. Naarmate het verhaal vordert, wordt het duidelijk dat Jose mogelijk een bijbedoeling heeft.