Het verhaal speelt zich af in de verre toekomst, in het jaar 2199 werd de aarde gebombardeerd door radioactieve asteroïden van de planeet Gamilus, waardoor de mensheid met uitsterven wordt bedreigd. In de baan van Mars vinden cadetten Kodai Susumu en Shima Daisuke een neergestort ruimteschip dat een bericht bevat van de koningin van de planeet Iscandar, waarin ze haar hulp aanbiedt aan de bewoners van de aarde door hen een blauwdruk te geven voor de constructie van een ruimteschip. een motor waarmee ze sneller dan het licht kunnen reizen en zo in minder dan een jaar het Sunzar-systeem kunnen bereiken, waar de planeet Iscandar zich bevindt. Op die planeet zullen mensen toegang hebben tot de kosmosreiniger, die de straling van de aarde zal verwijderen en de planeet in een mum van tijd zal herstellen. De motor wordt gebouwd en geïnstalleerd op het slagschip Yamato, dat vol tegenslagen aan de reis zal beginnen.