De USS Nathan James krijgt te maken een nieuwe vijand die eist dat Chandler Rachel en haar onderzoek afgeven. Wanneer Chandler weigert, worden hij en zijn bemanning op de proef gesteld en onderneemt Chandler een aantal gevaarlijke strategische zetten. Maar dan blijkt dat hun gezworen vijand ook een stok achter de deur heeft om een behandeling voor het virus te vinden.