Hanzo Hasashi, beter bekend als Scorpion, wordt opgeroepen om de Shogun te ontmoeten. Tijdens de reis ontmoet de onverschrokken generaal van de Shirai Ryu-clan zijn gezworen vijand, Sub-Zero. Scorpion beseft te laat dat deze val hem van zijn dorp en familie heeft weggevoerd, waardoor ze geen middelen meer hebben om zichzelf te verdedigen. Hij weet dat hij Sub-Zero moet verslaan en naar zijn dorp moet terugkeren voordat het te laat is.