De ninja’s leren steeds meer over Acronix en Krux – de twee gevallen elementenmeesters die bekend staan als de handen der tijd – en ze zijn er zeker van dat deze bedreiging nu eindelijk verslagen is. Maar terwijl Wu nog last heeft van de effecten van de tijdstoot die Acronix hem gaf, ontdekken de ninja’s een nieuwe vijand in hun midden: de oranje krijgers. En de ninja’s hebben geen idee wie hun controleert.