Yugi Mutō è un quindicenne che frequenta il primo anno al liceo della città di 'Domino. Il padre è sempre in viaggio per lavoro, dunque lui vive insieme alla madre e al nonno Sugoroku Mutō, proprietario del negozio di giochi Turtle Game, sopra al quale si trova anche il loro appartamento. Il nonno, otto anni prima, gli aveva regalato uno scrigno d'oro, trafugato in una tomba egizia, che conteneva al suo interno i pezzi di un puzzle d'oro.
Solo ora Yugi riesce a rimontarlo, dopo anni di fatiche; ottiene un pendaglio a forma di piramide rovesciata chiamato Puzzle Millenario. Sullo scrigno d'oro che lo custodiva, è inciso un testo, secondo cui chi completerà il Puzzle diventerà il paladino della giustizia e avrà accesso alla conoscenza occulta dei Giochi delle Ombre.