In un prossimo futuro, la terra si prepara ad affrontare una nuova glaciazione, che causerà la morte di molte specie animali, tra cui i lupi di cui già si contano pochissimi esemplari. Gli esseri umani, infatti, un paio di secoli prima avevano dato la caccia ai lupi, considerati un pericolo per la popolazione, sterminandone un elevato numero e ritenendoli pertanto, erroneamente, estinti. Gli ultimi lupi sopravvissuti hanno imparato ad ingannare la vista degli esseri umani apparendo ai loro occhi come altri uomini, riuscendo così a confondersi scampando allo sterminio.
Tre di questi lupi, Hige, Tsume e Toboe, hanno trovato rifugio nella città di Freeze City, nascondendo il loro vero aspetto e vivendo assieme agli altri esseri umani. In città arriva anche Kiba, un lupo bianco, che per orgoglio vive senza nascondere il suo vero aspetto. Kiba, tuttavia, mettendo temporaneamente da parte i suoi ideali, decide di unirsi agli altri tre lupi e, insieme a loro, fugge dalla città per andare alla ricerca di Cheza, la fanciulla del fiore, una misteriosa ragazza cieca frutto di esperimenti umani, nata dall'unione di una ragazza con i Fiori della Luna, dei fiori rarissimi che sbocciano solo alla luce della luna e sono la chiave per il Rakuen (nella versione inglese Paradise): un luogo paradisiaco dove finalmente i lupi potranno ritrovare la pace.