War of Y è diviso in quattro storie sui conflitti all'interno dell'industria dell'intrattenimento BL (yaoi, noto anche come amore tra ragazzi, è un genere di narrativa incentrato sulle relazioni tra personaggi maschili).
Storia 1- Nuova nave
Pan e Not diventano rapidamente la nuova coppia alla moda.
Ma il mondo BL non è privo di pericoli e sia i fan che i professionisti del settore possono rapidamente trasformarsi in nemici.
Storia 2 - La guerra dei manager
A volte la finzione supera la realtà e quando una coppia amata da molti si mette insieme, le cose possono diventare rapidamente complicate, persino caotiche.
Storia 3 - Y-Idol
Viene lanciato un nuovo reality show per trovare gli attori BL di domani. Rinchiusi insieme, diversi giovani imparano a recitare, cantare e ballare, ma saranno anche osservati per la loro capacità di esibirsi nel fan service.
Storia 4 - Moglie
Moss e Achi sono una coppia di BL che gioca perfettamente la carta del fan service, al punto che a volte il confine tra finzione e realtà non è molto chiaro. Tanto più che Achi si trova contemporaneamente una fidanzata.