La trama di The Tatami Galaxy è il resoconto romanzato di alcune esperienze vissute dallo stesso autore all'Università di Kyoto.
La storia segue le vicende di uno studente senza nome al terzo anno di università e di come questi senta di aver perso tempo in un particolare, ma diventeranno poi vari, club universitario (chiamato anche "cerchio") durante il primo anno. Qui ha incontrato Ozu, un altro studente, che lo ha coinvolto in situazioni e missioni di dubbia moralità. Si viene a sapere inoltre che il protagonista è innamorato di Akashi, una studentessa di ingegneria a cui fa varie promesse sperando di poterne fare la sua compagna; spesso però le sue missioni dalla dubbia morale vedono scontrarsi con l'interesse per la ragazza.