Nei primi anni 2000, l'oceano della Terra viene controllato dal misterioso "impero oceanico". Il comandante militare a cui ne è capo, Hell Deathbird, richiede a tutte le imbarcazioni che vogliono eseguire spedizioni il permesso di navigazione. L'unica speranza per il pianeta risiede in un sottomarino chiamato Super 99, creato dal Dr. Jūzō Oki.