La trama di Strawberry Panic si incentra sulle vite di alcune ragazze adolescenti che frequentano lo stesso agglomerato scolastico composto dalle tre prestigiose scuole di St. Miatre, St. Spica e St.Le Rim. Tutte e tre le scuole sono caratterizzate dal fatto di essere sorte molto vicine le une alle altre e di condividere diverse strutture presso la Collina di Astrea, un luogo sacro lontano dalla vita mondana dove gli uomini non possono entrare. Fra queste strutture, la più importante è senza dubbio il Dormitorio Ichigo dalla caratteristica forma di fragola. La protagonista vera e propria della storia, comunque, è Nagisa Aoi, una giovane ragazza che si ritrova a frequentare St. Miatre a seguito di un trasferimento. Il suo punto di vista guida lo spettatore all'interno del delicato sistema che regna presso le tre scuole ed è proprio attraverso gli occhi di Nagisa che si fa la conoscenza di tutti gli altri personaggi che si muovono presso la Collina di Astrea. Fra questi, senza dubbio i più importanti sono Shizuma, Tamao, Yaya, Hikari, Amane e Chikaru, sebbene molte altre figure ruotino intorno a questo gruppo principale.