Okabe ha fallito. Siamo nella linea di universo β, dove Kurisu Makise non esiste: è morta il 28 Luglio 2010. Di conseguenza, lo scienziato pazzo Kyoma Hooin è svanito, lasciando il posto a un uomo scoraggiato, che fa di tutto per non confrontarsi con i ricordi. A scuoterlo sarà l'incontro con un conoscente di Kurisu. Scoprirà l'esistenza di una macchina in grado di conservare la memoria umana, un sistema per risvegliare ricordi e per avviare una catena di eventi a cui sarà difficile porre rimedio.