Una città è stata distrutta e si dice che l’unica superstite sia Yuki, una giovane donna. Un giorno incontra un contrabbandiere solitario di nome Takuya e i due, seguendo il misterioso contenuto di una lettera lasciatale dal padre, si recano in quella città, ora chiamata Lost. Lì incapperanno in innumerevoli pericoli e, mano a mano che si avvicineranno alla verità su Lost, dovranno affrontare il peso dei ricordi delle persone care, organizzazioni segrete e cospirazioni.