Shelter racconta la storia di Mickey Bolitar, un ragazzo che dopo la morte improvvisa di suo padre inizia una nuova vita a Kasselton, nel New Jersey. Qui si ritrova rapidamente invischiato nella misteriosa scomparsa di una studentessa della sua scuola, Ashley Kent, fatto che lo porta a scoprire segreti inimmaginabili all'interno della loro tranquilla comunità. Con l'aiuto dei suoi amici - l'inventivo Spoon e la riservata Ema -, Mickey tira via la sonnolenta facciata di Kasselton per rivelare un oscuro sottosuolo che potrebbe contenere risposte a decenni di sparizioni, morti e leggende... e forse anche alla sua complessa storia familiare.