Il protagonista di questa serie comica è il sergente Keroro, rana aliena giunta sulla terra insieme ad un plotone composto da altri 4 ranocchi: Tamama, Giroro, Kururu e Dororo (il suo vero nome è Zororo ma lui stesso ha deciso di cambiarlo) con lo scopo di conquistare la Terra (chiamata Pekopon dagli alieni nel cartone e "Pokopen" nel manga; la televisione giapponese ha operato questo cambiamento per motivi di rispetto politico, infatti durante la seconda guerra mondiale il termine Pokopen veniva utilizzato in toni dispregiativi per intendere la nazione cinese). Insediatosi nel sotterraneo dell'abitazione della famiglia Hinata (composta da mamma Aki e dai due figli Fuyuki e Natsumi), Keroro si renderà conto che invadere il pianeta non è poi così facile. Tra un tentativo fallito e l'altro, il sergente scoprirà che l'amicizia può esistere anche tra umani ed alieni.