La trama di Seiken Tsukai no World Break è ambientata in una scuola superiore privata che riunisce i Saviors (Salvatori), giovani che possiedono ricordi risvegliati di vite passate. Alcuni di loro fanno parte dei Shirogane che combattono i nemici sfruttando armi e tecniche derivanti dai poteri noti come Puraana presenti nei loro stessi corpi. Altri fanno parte dei Kuroma che spazzano via i nemici manipolando magicamente i poteri noti come Maana capaci di superare le leggi della fisica. Un ragazzo di nome Moroha Haimura si iscrive in questa scuola, ma nasconde una particolarità: è il primo essere umano dotato di memorie passate ad avere sia i poteri degli Shirogane sia quelli dei Kuroma.