La storia è ambientata in Giappone agli inizi del XVII secolo sullo sfondo della guerra tra lo Shogun Ieyasu Tokugawa e i suoi oppositori, capitanati dal principe Hideyori Toyotomi e dal suo generale, Yukimura Sanada, al quale il clan dei Sarutobi (a cui appartiene la famiglia di Sasuke) è fedele seguace.
Lo Shogun Tokugawa ottiene la vittoria sulla fazione avversaria, ma non soddisfatto ordina al suo braccio destro Hanzo Hattori, capo dei ninja di Iga, che siano eliminati tutti i Sanada e i Sarutobi soppravvissuti.
Il padre di Sasuke (Daisuke Oozaru) viene ferito in uno scontro e, travestito da viandante, fa ritorno a casa. I sicari però lo inseguono. La moglie, nel tentativo di difendere la sua famiglia, viene uccisa da Kaede, la figlia di Hattori Hanzo.
Sasuke, rimasto orfano della madre e inconsapevole che quel viandante fosse il padre, intraprende un lungo viaggio per sfuggire ai guerrieri di Hattori dapprima in solitudine poi al fianco del padre, il quale, pur volendo molto bene a suo figlio, si comporta con lui come un severo maestro ninja anziché come un genitore premuroso. Gli insegnerà varie tecniche di combattimento dei guerrieri ninja Sarutobi e talvolta interverrà di nascosto quando il figlio si troverà in pericolo di vita.
Hattori e i suoi ninja però non sono gli unici nemici contro cui dovrà combattere il piccolo Sasuke: interverranno nella storia anche sedicenti maghi e perfidi feudatari che si prenderanno gioco dei più deboli.
Daisuke Oozaru verso la fine della storia si innamora di una vedova ma Sasuke, ancora afflitto per la morte della madre, mal digerisce la relazione di suo padre con questa donna. Solo nell’ultimo episodio accetterà la situazione e si riappacificherà con il padre.