La storia si svolge in un ipotetico Giappone medioevale, nel pieno periodo Edo, dove la giovane cameriera Fu salva dall’esecuzione il vagabondo e abile combattente Mugen e l’enigmatico rônin (samurai senza padrone) Jin. Insieme i tre intraprenderanno un lungo viaggio alla ricerca del samurai che odora di girasoli. Un viaggio che li porterà ad attraversare il paese e durante il quale incontreranno personaggi di ogni genere.