Battosai Himura è uno spietato assassino al servizio dei fautori della Restaurazione Meiji: negli anni precedenti all'avvento del periodo Meiji, l'uomo contribuisce alla fine dello Shogunato Tokugawa, ma in seguito all'insediamento del nuovo governo scompare nel nulla. Dieci anni più tardi, il samurai vagabondo Kenshin Himura approda nella nuova capitale Tokyo: nella nuova era pacifica a nessuno è più consentito portare la spada, nemmeno ai samurai. La katana di Kenshin, tuttavia, reca una lama invertita quale emblema del giuramento di non uccidere più, e proteggere quante più persone possibile dalle ingiustizie subite. Dopo l'incontro con Kaoru Kamiya, padrona di una palestra di scherma, Kenshin si ritroverà spesso coinvolto in combattimenti contro altri samurai che non apprezzano il nuovo stile di vita pacifico del Paese. I fantasmi del suo passato, inoltre, ritorneranno uno dopo l'altro.