Inizialmente la squadra Rossa è composta da Grif, Simmons, la recluta Donut, il leader Sarge e un soldato cibernetico, Lopez. La squadra Blu è composta da Tucker, la recluta Caboose, il leader de facto Church e il carro armato Sheila; prima della narrazione, la squadra Blu era guidata dal capo ufficiale, il capitano Butch Flowers. Durante uno scontro fra le due fazioni, Church viene accidentalmente ucciso da Sheila e ritorna come fantasma dopo che la mercenaria Tex è stata arruolata per rimpiazzarlo. Church rivela ai suoi compagni di squadra che Tex è in realtà la sua ex compagna ed è stata sottoposta a un esperimento che ha introdotto un’intelligenza artificiale nel suo corpo, rendendola così una Freelancer (un’unità di combattimento a cui viene assegnato il nome di uno dei 50 Stati Uniti come nome in codice). Tex viene uccisa in combattimento da Donut e O’Malley, la sua IA, si impadronisce di Caboose. Tre mesi dopo un medico, che riceverà il soprannome “Doc”, si presenta alla base dei Blu e viene assegnato ad entrambe le squadre a causa della mancanza di risorse. I Blu catturano Donut e avviano un negoziato per la sua liberazione con i Rossi, in cambio di corpi cibernetici, che i fantasmi di Church e Tex sarebbero in grado di possedere. O’Malley si impadronisce di Doc, rapisce Lopez e scappa da Blood Gulch attraverso un portale. I Rossi e i Blu uniscono le forze per fermare O’Malley e, durante il confronto, esplode una bomba che Sarge aveva inserito nel corpo di Church. Tutti i soldati si risvegliano in un posto sconosciuto, convinti che l’esplosione li abbia proiettati nel futuro, mentre Church ha invece viaggiato nel passato. Con l’aiuto di un computer senziente chiamato Gary, il Blu tenta di alterare la linea del tempo, correggendo gli errori che avevano generato quella situazione, senza però riuscirci. Alla fine abbandona i suoi piani e si riunisce ai suoi compagni nel futuro. Le squadre decidono di far esplodere la fortezza di O’