Kei Kusanagi è un diciottenne timido ed introverso, che ha passato tre anni in una specie di coma, che lui chiama "Teitai", ovvero "l'arresto". Gli capita infatti frequentemente di bloccarsi e perdere conoscenza quando è sotto pressione. Persi i tre anni si trasferisce da suo zio Minoru, un dottore, e riprende ad andare a scuola. Nessuno dei suoi compagni sa del suo problema e tutti pensano abbia quindici anni, come loro.
Una sera vede un vortice nel lago e subito dopo assiste alla materializzazione di una donna stupenda. Scappa impaurito e si risveglia il giorno dopo, non sapendo se quello che ha visto sia vero o sia stato solo un sogno, fino a quando con sorpresa vede la stessa donna entrare nella sua classe e presentarsi come la loro nuova professoressa di Giapponese Moderno. Dopo scuola Kei scopre che la professoressa, Mizuho Kazami, è andata a vivere proprio vicino a lui e mentre la sta aiutando a traslocare viene teletrasportato in un'astronave. Scopre così che Mizuho è un'aliena mandata dalla Federazione ad osservare gli umani.
Mizuho, per evitare che il giovane riveli la sua vera identità cerca di instaurare un legame con lui fino a sposarlo, quando gli zii di Kei iniziano a fare troppe domande sul loro rapporto. Col tempo però i due si innamorano veramente l'uno dell'altra e finiscono col vivere insieme.