La storia segue le vicende di Joe Higan, un nukenin, ovvero un ex ninja scappato dal proprio clan, e che cerca di nascondersi dal suo violento passato, vivendo nell'America più rurale con la sua famiglia. Una notte cade in un'imboscata dell'organizzazione di cui faceva parte, che richiede un tributo di sangue, a lui e alla sua famiglia, per il suo tradimento. Risvegliatosi dalla sua morte apparente, Joe tornerà ad essere Ninja Kamui per vendicare la sua famiglia e i suoi amici. Kamui è un ninja del 21° secolo, un anacronismo vivente che contrapporrà le sue antiche tecniche ad armi high-tech. Affronterà assassini ben addestrati, cyborg e altri ninja per distruggere il suo stesso clan.