5012 d.C. La Terra è stata improvvisamente invasa da alieni che hanno schierato forme di vita meccaniche. L'estinzione dell'umanità è imminente, ma un piccolo gruppo di sopravvissuti si è rifugiato sulla luna e sta organizzando un contrattacco costruendo soldati androidi. Ma non sono all'altezza di un nemico capace di moltiplicarsi all'infinito. L'ultima speranza è rappresentata da una nuova generazione di androidi femminili, l'unità Yorha, e più precisamente da 2B. Riusciranno a riprendersi la Terra?