Nell'anno 2000 un gigantesco cataclisma sconvolge la Terra: un'enorme esplosione avviene nell'Antartide, provocandone la disgregazione e lo scioglimento dei ghiacci. La popolazione viene decimata scendendo a tre miliardi di individui; l'umanità si trova ora dinanzi il difficile obiettivo di ricominciare da capo e ricostruire la propria civiltà gravemente danneggiata.
Anno 2015: l'equilibrio climatico si sta gradualmente riassestando e le nazioni del mondo stanno lentamente ricostruendo ciò che avevano perduto. Shinji Ikari, un introverso e chiuso quattordicenne giapponese, riceve all'improvviso un messaggio dal padre che lo invita a recarsi nella città di Neo-Tokyo 3, presso l'agenzia speciale Nerv, dove lui lavora. Una volta giunto a Neo-Tokyo 3 il ragazzo scopre che suo padre è il comandante in capo della Nerv e lui è stato chiamato per pilotare quella che sembra essere l'unica speranza del genere umano contro gli "angeli", e cioè la macchina multi-funzione umanoide Evangelion, modello 01. Per Shinji si presenta così una dura prova e attorno a lui si dipaneranno gli intrecci fra le relazioni degli altri personaggi e i dubbi su cosa sono in realtà gli angeli, sul perché hanno attaccato la Terra, sulla verità riguardo gli Eva e sui misteri intorno alla NERV e alla SEELE.