Natsume, proprio come sua nonna Reiko, ha il dono di poter vedere gli spiriti. Ma la nonna non era in grado di governare questo potere al pieno della sua potenza e si è trovata costretta a racchiudere le anime e gli spiriti che la tormentavano all'interno di un libro. Ora che Natsume l'ha ereditato, si apre per lui una nuova avventura, tra spiriti che si vogliono vendicare e altri che gli chiedono aiuto.