La storia si svolge nell'anno 0096 UC, tre anni dopo le vicende narrate nel lungometraggio Char's Counterattack, e svela in un lungo flashback anche i retroscena della colonizzazione dello spazio all'inizio dell'Universal Century.
La scintilla che innesca un nuovo scontro tra la Federazione e Zion è il misterioso "scrigno di Laplace"; questo oggetto è stato la base del potere della Fondazione Vist dall'inizio del secolo universale e sta ora per passare nelle mani di Neo Zion. La giovane Mineva Zabi tenta di impedire questa nuova guerra con l'aiuto di Banagher Links, un giovane studente apparentemente coinvolto solo casualmente nella vicenda.