Cosmic Era 70. A causa della tragedia del San Valentino Insanguinato, le tensioni tra la Federazione Terrestre e il conglomerato di colonie noto come PLANT sono rapidamente degenerate in un conflitto armato globale. Sono trascorsi undici mesi dall’inizio della guerra, che non accenna a raggiungere una conclusione. Le forze di Zaft effettuano un raid nella colonia neutrale di Heliopolis, all’interno della quale vengono celate 5 nuove unità mobile suit destinate all’esercito della Federazione. Nel mezzo della battaglia che ne scaturisce in breve tempo, Kira e Athrun, due ragazzi, amici sin dall’infanzia, si rincontrano dopo anni. Ma Athrun è ora un soldato dell’esercito di Zaft, mentre Kira, che conduceva una pacifica vita come un comune studente, vedrà il suo mondo improvvisamente stravolto quando involontariamente finirà a bordo di una di quelle unità.