Dopo la battaglia di A Baoa Qu, che segnò la capitolazione dell'esercito del Principato di Zeon e la vittoria della Federazione Terrestre nella Guerra di un anno, un gruppo di militari al comando dell'Ammiraglio Aguille Delaz, tra cui l'asso Anavel Gato, riuscì a sottrarsi alla disfatta, giurando di vendicare la sconfitta in un secondo tempo.
Tre anni dopo, la corazzata federale di classe Pegasus denominata Albion, agli ordini del Capitano Ayper Synaps, parte per una missione segretissima verso la base australiana di Torrington, recando a bordo due nuovi modelli sperimentali di Gundam, il GP01 Zephyrantes ed il GP02A Physalis, quest'ultimo realizzato per fare uso di armi atomiche, vietate sin dalla firma del Trattato del Polo Sud.
Grazie ad alcune spie infiltrate all'Anaheim, i superstiti di Zeon sono venuti a sapere del progetto e Anavel Gato riesce ad introdursi nella base federale ed a trafugare il mobil suit. Al furto assistono, tra gli altri, Nina Purpleton (ingegnere dell'Anaheim e progettista dei due prototipi di Gundam) ed il cadetto Kō Uraki, che d'impulso sale sul GP01 per cercare di bloccare Gato. Benché dotato di talento, Uraki è troppo inesperto rispetto ad un veterano come Gato, che riesce a fuggire dalla base col GP02A.
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