Protagonista della storia è Strawberry Momomiya, una ragazza di 13 anni. Durante il suo primo appuntamento con Mark Aoyama, a una mostra sugli animali in via d'estinzione, viene colpita da un misterioso raggio che trasferisce nel suo patrimonio genetico il DNA di una specie molto rara di gatto selvatico, il gatto selvatico di Iriomote. Da quel momento Strawberry è in grado di trasformarsi in Mew Berry. I responsabili dell'accaduto sono due ragazzi, Ryan Shirogane e Kyle Akasaka, i quali invitano Strawberry nel loro locale, il Caffè Mew Mew, usato come copertura per il loro importantissimo progetto segreto: il Progetto Mew Mew.