Il malefico Dottor Hell, perfido scienziato megalomane, pianifica la conquista del mondo.
Nemmeno Mazinga riesce ad avere la meglio sull'orda di mostri del Dottor Hell. Dopo una furiosa battaglia Mazinga viene sconfitto e il suo pilota, Koji, scompare in battaglia.
Quando le cose sembrano andare per il peggio, Koji fa ritorno alla base alla guida di un possente nuovo robot costruito dal nonno in gran segreto: Mazinkaiser.
Ma il robot sembra quasi possedere una propria volontà e la sua forza è spaventosa e incontrollabile, tanto da mettere a repentaglio la stessa vita del pilota e dei suoi amici...
Riuscirà Koji a far propria la forza di Mazinkaiser e a piegarla al suo volere per sconfiggere il Dottor Hell? Quale segreto si cela in Mazinkaiser?