Kobato Hanato è una ragazza avvolta nel mistero. Sconosciuto il suo passato, sconosciuta la sua origine, probabilmente non umana, Kobato si trova in città per consolare le persone sentimentalmente ferite. Più persone riuscirà a curare, più velocemente riempirà una strana bottiglia che porta con sé; nel momento in cui questa bottiglia sarà piena, Kobato potrà realizzare il suo grande desiderio di “andare in quel posto…” – quale e dove sia questo posto, non ci è dato saperlo. In quest’impresa Kobato è accompagnata dal suo maestro Ioryogi, uno strano essere con le sembianze di un pupazzo di cane blu.